学院拥有气象灾害教育部重点实验室、“气象灾害预报预警与评估”省部共建协同创新中心、国家自然科学基金委南京大气资料中心等重要的省部级科研机构。2020年度数理和地学领域教育部重点实验室评估结果中，气象灾害教育部重点实验室顺利通过评估并获“优秀”。与夏威夷大学、佛罗里达州立大学和俄克拉荷马大学等国外著名高校联合组建成立“气候与环境变化国际联合实验室”，成为教育部首批立项建设的三个国际合作联合实验室之一。
2012年，“南京信息工程大学-中国气象局气象探测中心理科实践教育基地”入选国家级校外实践教育基地；2013年，“大气科学与环境气象实验教学中心”入选国家级实验教学示范中心；2014年，“大气科学与气象信息” 入选国家级虚拟仿真实验教学中心。
